Naproti tomu bylo v posledních desetiletích prokázáno, že infekce způsobené bakteriemi Chlamydia trachomatis biovary D-K jsou nejčastější sexuálně přenosné urogenitální nákazy. Chlamydophila pneumoniae je známá jen něco přes 10 let, ale již je známo, že se stoupajícím věkem asymptomaticky promořuje celou populaci a je zřejmě až v 10 % původcem komunitních pneumonií. Laboratorní ověření klinického podezření z chlamydiových nákaz není vždy snadné, ale přeceňování jen jednoho pozitivního sérologického nálezu vede často ke zbytečné antibiotické léčbě.

Chlamydie jsou drobné gramnegativní mikroby se zcela zvláštním životním cyklem. Mají buněčnou stěnu, syntetizují některé bílkoviny a pro růst a množení jsou energeticky závislé na hostitelské buňce. 

Chlamydie postihují v přírodě různé živočichy. Pro člověka jsou patogenní tři:

1. Chlamydia trachomatis s 15 vesměs lidskými sérotypy – výjimkou je biovar myší pneumonie, který je nepatogenní pro člověka

2. pouze lidská Chlamydophila pneumoniae s jedním sérotypem TWAR

Chlamydia pnemoniae – elementární tělíska (EB’s) nesená červenými krvinkami

3. Chlamydophila psittaci s mnoha sérotypy, které postihují ptáky i savce. Zdrojem nákazy pro člověka jsou většinou infikovaní ptáci a člověk je konečným možným článkem této infekce.

Všechny tři lidské chlamydie se navzájem liší antigenně, metabolicky, citlivostí na antibiotika, preferencí k určitým epiteliálním buňkám, cestou nákazy a morfologií inkluzí i ET.